«Неутомимый проповедник, поведения очень хорошего. Трезв. Богослужения совершает благоговейно. Учительствует с успехом».

Из послужного списка. ГААО. Ф. 29. Оп. 32. Д. 166.

В 1879 году после окончания Архангельской Духовной семинарии рукоположен в сан священника  епископом Архангельским и Холмогорским Нафанаилом.
7 мая 1893 года о. Николай, согласно прошения, определен священником на «родительское место» в Зачаческий приход Холмогорского уезда вместо уволившегося за штат по состоянию здоровья о. Иоанна Попова, где прослужил до 1914 года.

О. Николай за годы своего служения неоднократно встречался и сослужил о. Иоанну (Сергиеву) Кронштадтскому. «В 1904 году 10 июня служил с о. Иоанном Кронштадтским в Воскресенской церкви г. Архангельска. Пели очень хорошо. Пошли на чай к брату Михаилу …все прекрасно, слава Богу». (Из дневника о. Николая Попова. Рукопись // Емецкий Краеведческий Музей).

О. Николай Попов состоял в переписке с советом епархиального Беломорско — Карельского братства, оказывал материальную помощь братству.

В 1914 году о. Николая переводят в Шенкурск настоятелем Благовещенского собора, а затем настоятелем в Шенкурский Свято-Троицкий женский монастырь.

После октябрьского переворота протоиерей Николай Попов открыто призывал людей встать на защиту монастыря. Горожанами было создано «Общество ревнителей веры православной». Это общество взяло под охрану монастырь, и большевиками были конфискованы лишь монастырские земельные угодья. 24 марта 1918 года, в неделю Торжества православия, по улицам Шенкурска прошел крестный ход.

В начале января 1919 года в Шенкурск вновь пришли большевики. В игуменском корпусе монастыря разместился штаб красной армии. Началась расправа с населением.

5 февраля 1919 года Николая Ивановича Попова расстреляли. Несмотря на четырехкратную просьбу, тело священника родным не выдали для отпевания и погребения.
«… Про смерть папы рассказывают немало, и по всем рассказам выходит, что он умер героем, совершенно спокойно шел на казнь, все время только горячо и проникновенно молился. «Прямо святой человек,- говорили про него расстреливавшие его солдаты, — так, что жутко было убивать его» … Долго не имея вестей с севера я всего ожидал, но не расстрела Папы. Его знали все как врача душ и телес. Почти 40 лет священствовал, почти семидесяти лет от роду; тихий, кроткий… да примет дух его Господь и вчинит в лики святых священномученников».
(Из дневника сына Василия // Ушакова Н.Н. В ветвях Мнемозины: семейные исследования. Лоция, 2017. С. 29-42).